สำนักงานศุลกากรภาคที่ 1 ตั้งอยู่ที่ชั้น 14 อาคาร 120 กรมศุลกากร ถนนสุนทรโกษา คลองเตย กรุงเทพมหานคร เป็นส่วนราชการระดับสำนัก ตั้งขึ้นตั้งแต่เมื่อปี พ.ศ.2482 ในอดีตเป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาค เรียกว่า “กองข้าหลวงตรวจการศุลกากรภาค 3” หัวหน้าส่วนราชการเรียกว่า “ข้าหลวงตรวจการศุลกากรภาค 3” ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเรียกเป็น “ศุลกากรเขต 3 พระนคร” หัวหน้าส่วนราชการเรียกว่า “ศุลกากรเขต 3” ยังคงเป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาค
           ในปี พ.ศ. 2505 ได้เปลี่ยนชื่อเรียกเป็น “ที่ทำการศุลกากรเขต 3” หัวหน้าส่วนราชการเรียกว่า “ศุลกากรเขต 3” และยังเป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาค จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2516 ได้เปลี่ยนมาเป็นราชการบริหารส่วนกลาง เรียกว่า “สำนักงานศุลกากรเขต 3” หัวหน้าส่วนราชการยังคงเรียกว่า “ศุลกากรเขต 3”
           ต่อมาในปี พ.ศ.2526 ได้เปลี่ยนชื่อเรียกเป็น “สำนักงานศุลกากรภูมิภาคที่ 3” หัวหน้าส่วนราชการเรียกว่า “ผู้อำนวยการศุลกากรภูมิภาคที่ 3” และในปี พ.ศ.2533 ได้มีพระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการกรมศุลกากร กระทรวงการคลัง พ.ศ.2533 แบ่งสำนักงานศุลกากรภูมิภาคออกเป็น 5 สำนักงาน สำนักงานศุลกากรเขต 3 จึงเปลี่ยนมาเป็น “สำนักงานศุลกากรภูมิภาคที่ 1”
           ในปี พ.ศ.2538 ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมศุลกากร กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2538 ยกฐานะส่วนราชการให้มีฐานะสูงกว่าระดับกอง เรียกชื่อว่า “สำนักงานศุลกากรภาคที่ 1” กำหนดตำแหน่งหัวหน้าส่วนเป็นสารวัตรศุลกากร ระดับ 9 เรียกชื่อตำแหน่งทางการบริหารว่า “ผู้อำนวยการสำนักงานศุลกากรภาคที่ 1”