ด่านศุลกากรคลองใหญ่ ตั้งขึ้นโดยกฎเสนาบดี กระทรวงการคลังมหาสมบัติ ฉบับที่ 3 ลงวันที่ 22 เมษายน 2475 กำหนดให้ด่านศุลกากรคลองใหญ่เป็น ท่าหรือที่ สำหรับการนำของเข้าและส่งของออกได้ทุกประเภท โดยกรมศุลกากรได้แต่งตั้งเจ้าหน้าที่ศุลกากรไปปฏิบัติหน้าที่นายด่านศุลกากรครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2477 อาคารที่ใช้เป็นที่ทำการของด่านศุลกากรคลองใหญ่หลังเดิม ได้ปลูกสร้างเมื่อปี พ.ศ. 2496 มีลักษณะเป็นเรือนไม้ชั้นเดียว ก่อสร้างแบบยกพื้นอยู่ในทะเล บริเวณปลายสะพานท่าหลวง หมู่ที่ 2 ตำบลคลองใหญ่ จังหวัดตราด

          การเดินทางไปที่ทำการด่านศุลกากรหลังเดิมไม่สะดวกเท่าที่ควร เนื่องจากสะพานท่าหลวงมีความยาวซึ่งยื่นออกไปในทะเลประมาณ 600 เมตร แต่มีความกว้างเพียง 1.2 เมตร เท่านั้น รถยนต์จึงไม่สามารถเข้าถึงด่านศุลกากรได้ ต้องใช้รถจักรยานยนต์หรือเดินเท้าเข้าไป อันเป็นการไม่สะดวกแก่ผู้มาติดต่อราชการกับด่านศุลกากรคลองใหญ่เป็นอย่างยิ่ง ประกอบกับอาคารที่ทำการด่านศุลกากรคลองใหญ่หลังเดิม มีสภาพคับแคบและเก่าชำรุด รัฐบาลจึงได้อนุมัติงบประมาณให้กรมศุลกากรดำเนินการก่อสร้างอาคารด่านศุลกากรคลองใหญ่หลังใหม่ขึ้น พร้อมกับอาคารชุดพักอาศัย