เมื่อปี พ.ศ. 2524 รัฐบาลเริ่มวางแผนพัฒนาพื้นที่บริเวณชายฝั่งทะเล ด้านตะวันออก โดยกำหนดเป้าหมายพื้นที่แหลมฉบัง จังหวัดชลบุรี และมาบตาพุด จังหวัดระยอง ให้เป็นศูนย์กลางการพัฒนาได้มีการจัดตั้งนิคมอุตสาหกรรมและท่าเรือขึ้นในบริเวณดังกล่าว

         ในส่วนของท่าเรือมาบตาพุด รัฐบาล ได้มอบหมายให้ (กนอ.) การนิคมอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย เป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบและดำเนินการก่อสร้างท่าเรือขึ้น ณ ตำบลมาบตาพุด อำเภอเมือง จังหวัดระยอง ในเขตพื้นที่ติดเชื่อมกับโครงการนิคมอุตสาหกรรมมาบตาพุด เมืองใหม่มาบตาพุด พื้นที่ตั้งโครงการ
ร้อยละ 85 ยื่นลงไปในทะเล เป็นระยะทางประมาณ 3,850 เมตร

          ในบริเวณฝั่งทะเลตะวันออกของอ่าวไทย การก่อสร้างเริ่มต้นเมื่อวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ.2532 แล้วเสร็จเมื่อวันที่ 24 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2535 เพื่อเป็นการสนับสนุนนโยบายของรัฐบาลและเพื่ออำนวยความสะดวกให้กับผู้ประกอบการในเขตนิคม
อุตสาหกรรมมาบตาพุด กรมศุลกากรจึงมีโครงการจัดตั้งด่านศุลกากรมาบตาพุด เพื่อให้บริการศุลกากรทั้งด้านการปฏิบัติพิธีการและตรวจปล่อยสินค้า โดยในขั้นแรก ได้มีการอนุมัติให้เปิดทำเนียบท่าเรือและโรงพักสินค้า ณ บริเวณท่าเรือ อุตสาหกรรมมาบตาพุด

          วันที่ 2 มีนาคม 2536 กรมศุลกากรจัดเจ้าหน้าที่จากด่านศุลกากรสัตหีบมาปฏิบัติงานประจำ
ณ ทำเนียบท่าเรือเพื่อดำเนินการตรวจปล่อยสินค้า ที่นำเข้าทางท่าเรือมาบตาพุด

          วันที่ 1 ตุลาคม 2536 เริ่มให้บริการผ่านใบขนสินค้า จัดเก็บภาษี ตรวจปล่อยสินค้าทั้งขาเข้าและขาออกตลอดจนให้บริการอื่นๆ ทางศุลกากร โดยจัดอัตรากำลังเจ้าหน้าที่มาประจำ เพื่อปฏิบัติงานในเขตทำเนียบท่าเรือ

        เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2537 ได้มีกฎกระทรวงการคลังฉบับที่ 102 (พ.ศ.2537) ออกตามความในมาตรา 4
พระราช – บัญญัติศุลกากร พ.ศ. 2469 กำหนดให้ท่ามาบตาพุด จังหวัดระยอง เป็นท่าสำหรับการนำของเข้า หรือส่งของออก ซึ่งของทุกประเภทและการส่งออกซึ่งของที่ขอคืนอากรขาเข้าหรือของที่มีทัณฑ์บนทุกประเภท อีกทั้งได้กำหนดเขตศุลกากรไว้ด้วย