ด่านศุลกากรสังขละบุรี เป็นด่านศุลกากรทางบก อยู่ติดกับเขตแดนไทยกับสหภาพพม่าด้านจังหวัดจันทบุรี ในอดีตเป็นเพียงหน่วยศุลกากรสังขละบุรี ซึ่งกรมศุลกากรได้จัดเจ้าหน้าที่ศุลกากรหมุนเวียนไปปฏิบัติหน้าที่ด้านศุลกากรที่ อ.สังขละบุรี จ.กาญจนบุรี ตั้งแต่ปี พ.ศ.2526 เป็นต้นมา โดยทำหน้าที่ควบคุมสินค้าที่นำเข้ามาทางช่องทางบ้านพระเจดีย์สามองค์เข้ามาที่กรมศุลกากร เพื่อทำพิธีการศุลกากร ชำระค่าภาษีศุลกากรและตรวจปล่อยสินค้า ต่อมาปรากฏว่าสินค้าที่ผ่านเข้า-ออกทางช่องทางบ้านพระเจดีย์สามองค์มีปริมาณเพิ่มมากขึ้น พ่อค้าประชาชนไม่ได้รับความสะดวกที่ต้องไปปฏิบัติพิธีการที่กรมศุลกากร ดังนั้นในปี
พ.ศ.2532 กระทรวงการคลังจึงอนุมัติให้ตั้ง ด่านศุลกากรสังขละบุรี
ตามกฎกระทรวงการคลังฉบับที่ 85 (พ.ศ.2532) ลงวันที่ 12 พฤษภาคม พ.ศ.2532 และได้แต่ตั้งเจ้าหน้าที่ศุลกากรไปปฏิบัติหน้าที่ด่านศุลกากรสังขละบุรีเป็นการถาวร โดยช่วงแรกเช่าบ้านของเอกชนเป็นที่ทำการชั่วคราว

          ต่อมากรมศุลกากรได้สร้างอาคารที่ทำการด่านศุลกากรสังขละบุรีขึ้นที่ บริเวณสามแยกซองกาเลีย หมู่ที่ 3 ต.หนองลู อ.สังขละบุรี จ.กาญจนบุรี และทำพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ.2535 ด่านศุลกากรสังขละบุรีมีเขตรับผิดชอบในพื้นที่ จ.กาญจนบุรี