การค้าชายแดนกับประเทศเพื่อนบ้านตามแนวชายแดนมีปัญหาอุปสรรค เนื่องจากมีกฎหมาย ระเบียบปฏิบัติ  ประเพณี  วัฒนธรรมที่แตกต่างกัน และนโยบายของแต่ละประเทศ

ประเทศสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว    
                1.       รัฐบาลเข้มงวดในการนำเข้าสินค้า เนื่องจากรัฐบาลมีเป้าหมายจะลดปัญหาเงินเฟ้อ
                2.       ผู้นำเข้า-ส่งออกจะต้องขออนุญาตจากรัฐบาล ผู้ค้ารายย่อยต้องเสียค่าหัวคิวให้กับผู้ได้รับอนุญาต
                3.       ค่าเงินกีบไม่มั่นคง
                4.       การขาดแคลนแรงงานเพราะลาวมีประชากรน้อย
                5.       ตลาดภายในของลาวมีขนาดเล็ก มีอำนาจการซื้อต่ำ
                6.       นโยบายของรัฐบาลกับเจ้าแขวงไม่เป็นไปทางเดียวกัน
                7.       ค่าขนส่งและค่าบริการนำเข้าส่งออกค่อนข้างสูง
                8.       การค้านอกระบบส่งผลกระทบต่อตัวแทนจำหน่ายสินค้าของไทย
                9.       แต่ละแขวงมีอำนาจในการหารายได้ทำให้สินค้าไม่สามารถแพร่ไปแขวงอื่นต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม

ประเทศมาเลเซีย
1.       การกีดกันทางการค้า
2.       การขนส่งสินค้า
3.       การค้านอกระบบและลักลอบขนสินค้าหนีภาษีตามแนวชายแดนไทย-มาเลเซีย
4.       การพิพาททางการค้า : การค้าชายแดนบางส่วนดำเนินธุรกิจโดยไม่ผ่านระบบธนาคาร

ประเทศสหภาพเมียนม่าร์
1.       ปัญหาการเมือง
2.       ระเบียบกฎหมายทั้ง 2 ประเทศไม่เอื้อต่อการค้าชายแดน
3.       เส้นทางคมนาคมทางพม่าที่เชื่อมโยงกับชายแดนไทยชำรุดทรุดโทรม
4.       ปัญหาเรียกเก็บเงินนอกระบบของข้าราชการบริเวณชายแดนยังมีอีกมาก
5.       ประชาชนขาดกำลังซื้อ
6.       ปัญหาการสู้รบระหว่างชนกลุ่มน้อยกับรัฐบาลพม่า
7.       การขาดการสื่อสาร
8.       การขาดการไว้เนื้อเชื่อใจกันของรัฐบาลพม่ากับรัฐบาลไทย
9.       การบอยคอตจากสหรัฐอเมริกากับสหภาพยุโรป
10.    การทำงานล่าช้าของหน่วยงาน MIC ในกระทรวงคมนาคมของพม่า
11.    ไทยจะต้องยกฐานะจุดผ่อนปรนการค้าชายแดนให้เป็นจุดผ่านแดนถาวรมายิ่งขึ้น
12.    ความไม่ใส่ใจภาษาพม่า
13.    การเปลี่ยนเจ้าหน้าที่พม่าบ่อย ๆ

ประเทศกัมพูชา
1.         ขั้นตอนและระเบียบการส่งออกของไทย มีระเบียบขั้นตอนที่ยุ่งยากซับซ้อนและมีเอกสารประกอบมาก
2.         ปัญหาเรื่องค่าเงินเรียลซึ่งเป็นสกุลเงินหลักที่ใช้ในกัมพูชาขาดเสถียรภาพ
3.         เส้นทางการขนส่งจากชายแดนไทยไปยังกรุงพนมเปญ มีกลุ่มอิทธิพลต่าง ๆ คุมเส้นทางอยู่
4.         สินค้าที่จะนำเข้ากัมพูชาต้องผ่านการตรวจสอบจากบริษัท SGS ที่กระทรวงพาณิชย์กัมพูชาตั้งขึ้นมา